8月18日，毛泽东第一次接见全国红卫兵。8月19日，清华大学红卫兵正式成立，随即宣布次日要把蒋南翔揪回清华批斗。
8月20日下午，清华工程物理系1964级学生、清华大学红卫兵总部委员阎淮和清华“临筹”负责人带队去高教部，凭介绍信领出蒋南翔，押上大轿车准备带回清华，被一辆小轿车拦截。车上走出两人，说中央不让揪斗蒋南翔。
阎淮不客气地说：“哪个中央，刘少奇的吗？”拦车的一个大鼻子年轻人回敬他：“周总理的中央不行吗！”阎淮顿时软了。“临筹”的人还坚持要带蒋回校批斗，后面的文弱书生慢条斯理地说：“周总理来电话不让批斗，总理的话都不听，你们还听谁的？”
两个革命小将无言以对，没有完成光荣的、革命的“揪蒋”任务。回清华后，只好将“斗蒋大会”中间加上两个字，变成“斗蒋誓师大会”。
拦车救蒋的两人都是高干子弟，大鼻子是清华自动控制系1965级学生宋克荒（东北局第一书记宋任穷之子），文弱书生是清华自动控制系1964级学生陈元（中央副主席陈云之子）。
宋克荒当晚告诉阎淮，说：“昨天我得知你们红卫兵今天要揪斗蒋南翔，立刻给王任重（按：中央文化革命小组副组长）打电话。我认为蒋校长虽有错误，不反党。今天中午王任重找到我，说周总理指示蒋南翔不能揪斗。”王任重派车给宋，让他去保护蒋。宋赶紧拉上陈元去高教部，从红卫兵手里抢回蒋。（阎淮《进出中组部──一个红二代理想主义者的另类人生》）
周恩来有苦衷、有难处。在中央一线尤其是刘少奇、蒋南翔之间进行选择，他强调斗“黑帮”而非斗工作组，试图将革命激情已燃起的红卫兵斗争焦点转向蒋，试图以被打倒的蒋作为止损点、泄洪口和缓冲区，试图保工作组进而保王光美、保刘少奇。但在红卫兵揪斗蒋南翔时，他毫不犹豫地保护蒋南翔人身安全，不愿看到蒋被阶级仇恨染红眼的红卫兵羞辱、毒打。
蒋南翔成为中央定性的“走资派”，是“反党反社会主义黑帮”、“文革”前“十七年反革命修正主义教育路线的总后台”。他成了教育部大院里的头号敌人，大会批、小会斗，轻者坐“喷气式”，重者被痛打、毒打。
有一次，一个初一的女红卫兵厉声质问蒋南翔：“说！你和蒋介石什么关系？”蒋南翔莫名其妙的回答说：“没有关系。”“胡说！你不老实！你们都姓蒋，你们都反党反社会主义！怎么没关系？老实交代！坦白从宽抗拒从严！”红卫兵怒斥道。（刘言《文革演义》）
革命群众对蒋南翔很严苛，连同他吃豆芽掐根这样纯系个人习惯的私事，也要紧抓不放，作为资产阶级腐化堕落的靶子来抽打。（王铁藩《清华传统何在》）
1967年3月31日，《人民日报》转载《红旗》杂志编辑部调查员文章《“打击一大片，保护一小撮”是资产阶级反动路线的一个组成部分──1966年6、7两月清华大学工作组在干部问题上执行资产阶级反动路线的情况调查》，作者为中央文革小组成员王力、关锋，主观臆造，把蒋南翔和清华校党委几位副书记划为“少量的反党反社主义右派分子”。
此文引起全校师生对干部问题的大辩论，分成两大派。蒯大富回忆：“调查员文章对清华运动影响之大是很难想象的。”当日上午10点半，在西阶梯教室召开全校干部会。许多清华干部痛哭失声，“控诉”资产阶级反动路线的迫害，“控诉”蒋南翔为首的校党委。
有的师生认为，清华多数干部是好的或比较好的，执行毛主席、党中央的路线，工作有成绩；有的师生认为清华党委是搞修正主义的，干部队伍中许多人都是修正主义苗子，清华是烂掉的单位。“文革”中清华两派的斗争，从根本上说是由这里开始的。（刘冰《风雨岁月：1964-1976年的清华》）
4月10日，经周恩来和中央文革小组组长陈伯达、顾问康生、副组长江青一致同意，清华“井冈山兵团”造反派头头蒯大富在清华主楼前空阔广场召开30万人大会，批斗王光美，还押来中央书记处常务书记兼北京市委第一书记彭真、国务院副总理兼中央宣传部部长陆定一、国务院副总理兼国家经济委员会主任薄一波、高教部部长兼清华校长和党委书记蒋南翔等人陪斗。
那天人山人海围观，从清华园到五道口挤满。王光美被逼穿上访问印尼时的旗袍，再穿上一双高跟鞋，戴上一顶英国贵族式的宽边草帽，挂上一串用乒乓球做成的“项链”，事后成为清华造反派邀功的素材、江青的笑谈。王光美不反抗，不卑不亢站在那里，任由批判者怎么讲，自始至终不说一句，维护了尊严。
1968年4月14日，清华造反派“井冈山兵团”内部，因围绕如何进行“文革”的策略和方法、如何评价和对待“文革”前的干部和教工、如何评价“文革”前十七年的历史等问题尖锐对立，分裂为“井冈山兵团总部”（简称“团派”）和“四一四总部”（简称“四一四派”）。
据土建系1964年级学生万润南回忆，在清华教工干部的食堂大门前，“蒯大富的团派张贴了一副对联：氦氖氩氪氙惰性十足；吃喝玩聊睡一群混蛋。四一四派则贴了另一副对联：铍镁钙锶钡活性稍差；比学赶帮追赶快革命。”毕竟都是理工科的高材生，搞派系、搞批判不忘专业。这两副对联，惟妙惟肖地反映两派在如何对待清华教工、干部问题上的对立。
既有“文攻”，更有“武卫”。4月23日，“团派”和“四一四派”开始惨烈的“百日武斗”，震惊全国。双方数千人次披坚执锐，既有原始武器长矛、毒箭、云梯，也有现代武器手榴弹、燃烧弹、穿甲弹，18人亡、1100余人伤（其中30余人终生残疾），直接经济损失折合当时人民币逾1000万元。
毕业于耶鲁大学建筑系的亨利•墨菲设计了清华早期赫赫有名的“四大建筑”：大礼堂、科学馆、图书馆和体育馆。清华的骄傲也沦为清华学子武斗的场所，大礼堂被“团派”占为根据地，科学馆被力量更薄弱的“四一四派”占为根据地，长期被围困，1968年7月顶层被大火焚毁，仪器设备严重破坏。
一个个风华正茂的清华学生，被不是你死、就是我活的阶级斗争误导洗脑，戾气蒙昧良知，邪恶占据人心，或死于同学之手，或终身残疾。既是“文革”的加害者，也是“文革”的受害者。清华电机系1947级学生郭道晖感慨：“固然是错误路线的错误所致，但这样的暴行是提倡‘尊师重教’、‘厚德载物’、有传统文化素养与情操的旧清华学生所难以想象的。”（郭道晖《老清华的通才教育》）
7月27日，3万多名首都工人执行毛泽东指示，进驻清华制止武斗，遭遇“团派”殊死抵抗，发生大规模流血事件，工宣队5人亡、731人伤。蒯大富和“团派”因此垮台，红卫兵退出政治舞台，中学生“上山下乡”，大学生送到解放军农场接受“再教育”。“文革”第一阶段“学生造反”历时26个月，全面终结，切换到第二阶段“工宣队掌权”。
“新清华”的学子们面对汹涌而来的“文革”，大都迷失正确的政治方向，迷失做人的底线。一腔热血，激情有余，理性不足，阅历不足，思考不足。他们被狂热地发动起来，狂热地怀着对毛泽东的崇拜，狂热地迎合权力、揭发同学、毒打教师、血腥武斗，狂热地把“文革”进行到底、防止资本主义复辟。
他们接受的全是苏联版“马克思主义”教育，全是“又红又专”、“听话出活”灌输，全是“单向度”、“全封闭”的人。杨继绳反省，“1960年－1967年我还是清华的学生，虽然年过二十，但很无知”；“那个时候我们能得到的信息全都是官方提供的，能看的书籍也是官方允许的，所学的理论也是官方灌输的，那时根本不知道一些重大事情的真相，我们认为官方公布的就是真相”。（杨继绳《拨开历史深处的迷雾》）
他们如愿实现刘少奇在《论共产党员的修养》中的价值取向，“党员要做党的驯服工具”，而且以维护政权的接班人自居，进一步升级为“接班人也要做党的驯服工具”。清华校训“自强不息，厚德载物”早束高阁，视之如草芥；清华国学院导师陈寅恪倡导的“独立之精神，自由之思想”早忘干净，弃之如敝履。
曾被蒋南翔寄以厚望的“双肩挑”政治辅导员们，在政治运动中，个个都是“中坚力量”。刚一涉水“文革”，几乎无一例外地没顶为“五分加绵羊”的“修正主义黑苗子”，更有为数不少者竟然攀缘而上，成了“革命大批判”的急先锋！（王铁藩《清华传统何在》）
校学生会前主席、校团委书记谭浩强在“文革”特定的条件下，曾任清华“井冈山兵团四一四总部”委员，写出《邓小平反对毛泽东思想一百例》。他的仕途在“文革”后划上句号，反而坏事变好事，成为著名的计算机教育专家。
（注：作者为独立评论人。）