编者按：上篇见《清华“文革”狂飙曲（上）》
1966年6月10日，中共中央书记处决定停止蒋南翔高教部部长、清华大学校长兼党委书记的职务，责令其反省。清华此前反蒋的少数派欢欣鼓舞，欢呼雀跃。
同日，清华开始大规模批蒋、反蒋。清华园中的“文革”闹剧反转，保卫蒋南翔和校党委人数迅速缩减，与反对人数之比是700:10000。
“高沂揭发蒋南翔的大字报也传到清华”，“清华园沸腾了”。蒯大富回忆，“‘校党委是黑帮’的口号越来越多，革命之风越刮越盛，到中午已占绝对优势，蒋、艾一群已经无能为力了。”
清华绝大多数原来保蒋的人纷纷倒戈“起义”，揭发蒋南翔，批判校党委。如：工物系8人贴出大字报《在文化大革命中蒋南翔和校党委搞得什么鬼？》；以方惠坚（按：清华首批政治辅导员）为首团委以及文艺社团、代表队干部（按：蒋南翔一手栽培）也揭发蒋。
还有一张大字报说，“我们受骗了，我们受骗了；我们不知道情况，蒋南翔蒙蔽了我们，披着马克思主义的外衣；我们的政治觉悟不高，毛泽东思想没有学好；我们坚决和蒋南翔划清界限，站到新市委一边来，站到革命同学们这一边来。”一个造反派同学画了一个漫画，题为《大合唱：我们受骗了》。
6月11日上午，清华工作组召集全校干部大会，宣布工作组来清华“夺权”，并要到会干部“老实交代”。系总支书记、支部书记全由工作组兼任或指派他们心目中的“左派”。工作组提出：“清华大学修正主义是一棵黑树，树干是校党委，树枝是下面所有的干部”，因此，应该“全部打倒”，否则“不能根除”。
清华校系两级原领导一律靠边站，都被勒令反省。工作组安排清华大学文革领导小组，对党支部书记、辅导员等党员干部采取煞威风与攻心战相结合的办法“检查下楼”，并有组织地批斗“黑帮”。校系领导干部们开始度日如年，心惊肉跳地置于先“上楼”检查、再“下楼”过关的境地。所谓“下楼”，就是以“检查错误，交代罪行，自觉上纲，挖出黑心”为标准，人人检查，逐个过关。
党的冲锋号一吹响，很多清华学生一马当先，“炮轰”校党委、“火烧”老教授。清华造反派头头之一唐伟说，我们是“奉旨造反”，或者叫“跪着造反”的人，“经常想的决不是升官发财，而是不要成了五七年的右派，不要被打成反革命。”（唐伟《人生原来可以这样度过》）
当日起，清华园内出现乱抓“黑帮”戴高帽子游街的现象，这是学习毛泽东在《湖南农民运动考察报告》中介绍的农民斗地主时戴高帽子的做法。6月12日，游街现象愈演愈烈，从早到晚，清华大学到处是自发游斗“黑帮”的散乱人群，工作组多次劝阻不能奏效。直至深夜，工作组还在通过广播台广播，劝说同学们回去睡觉。
工作组接管清华大权后，将112人打成“走资派”、16人打成“反动学术权威”、50多人打成“牛鬼蛇神”。其做法基本是采用王光美在河北抚宁县卢王庄公社桃园大队蹲点的“桃园四清经验”，群众形象地描述为：“游街一大串，斗争会一大片，劳改一大队”。1964年7月，北京市委召集各单位负责人在国际饭店听了王光美“桃园四清经验”的报告录音。王在报告中列举了战绩：挖出这个大队的支部书记是个“国民党”，党支部是“反革命两面政权”，“许多党员都烂掉了”。（刘冰《风雨岁月：1964-1976年的清华》）刘冰的回忆录虽然没有明示，但暗示了对王光美和工作组指导清华“文革”运动的不以为然。
7月29日，毛泽东在中央政治局常委会上，要求周恩来“过问”清华大学的文化大革命运动，实质是让周恩来否定刘少奇、王光美在清华指导的“文革”运动，考验周恩来在毛、刘之间选边。
同日，北航附中冒出对联：“老子英雄儿好汉，老子反动儿混蛋。基本如此。鬼见愁”，这个对联成为干部子弟鼓吹“血统论”的标志性口号；雷蓉、王小平贴出第二张大字报《六•二四以后工作组的路线是错误的》，贺鹏飞、李黎风转变立场，贴出大字报批评工作组不走群众路线。当晚，清华大学工作组在大礼堂召开大会，同学们激烈批评工作组的发言后，王光美拐弯抹角地为工作组辩护，说：“你们有你们的看法，我有我的看法。”
8月4日下午，毛泽东在中央政治局常委扩大会议上，尖锐批评刘少奇派工作组“镇压学生运动”的“路线错误”。毛说：“在前清时代，以后是北洋军阀，后来是国民党，都是镇压学生运动的。现在到共产党也镇压学生运动，这与陆平、蒋南翔有什么分别！中央自己违背自己的命令。中央下令停课半年，专门搞文化大革命，等到学生起来了，又镇压他们”；“我是没有下去蹲点的。有人越蹲越站在资产阶级立场上反对无产阶级”；“在无产阶级专政下，也允许群众请愿、示威游行和告状”。刘少奇回应：“革命几十年，死都不怕，还怕群众？！”；“无非是下台，不怕下台”。
当晚8时30分至5日凌晨约1时，清华全校师生2万多人集中在东大操场，召开清华大学无产阶级文化大革命大会。周恩来带领中共中央总书记邓小平、中央书记处书记陶铸、国家副主席董必武、国务院副总理李富春、中央文革小组组长陈伯达、中央文革小组副组长王任重和刘志坚以及参加中共八届十一中全会的100多名中央委员（含各省市区党委第一书记）和候补委员出席，北京市委书记李雪峰主持。清华附中三位红卫兵分别宣读一论、二论、三论《无产阶级革命造精神万岁》文章以及毛泽东致清华附中红卫兵的信，在工作组组长叶林检讨错误和蒯大富、贺鹏飞、朱金根等学生代表发言之后，周恩来讲话，借用毛泽东批评彭真治下北京的话，批评彭真的老部下蒋南翔，“拿清华来说，在蒋南翔的领导下，成了针插不进、水泼不进的清华园。但是没有什么了不起”（韩爱晶《清华蒯大富》），明确宣布“对蒯大富同志、刘泉同志，我是主张解放的，平反的”。
周恩来讲话中又强调：“要把主要矛头指向黑帮。”（阎淮《进出中组部──一个红二代理想主义者的另类人生》）意图还是保刘，仅限于斗蒋。很多清华学生听出周恩来与中央文革小组要把斗争矛头指向工作组的调子不一样。7月25日、26日，中央文革小组连续两晚在北大召开群众大会，都由江青主持，陈伯达和康生都斩钉截铁地说：“毛主席没有派一个工作组！”陈、康在北大讲话时，阎淮（物资部局级干部阎韬之子）在场，而且事先得到消息，占据会场有利位置。
其中的要害在于，清华如斗黑帮，矛头主要指向高教部部长兼清华校长、书记蒋南翔；如斗工作组，矛头必定指向清华工作组顾问王光美，并牵涉背后的刘少奇。派工作组主要是刘少奇决策，也是刘少奇、周恩来、邓小平中央一线的集体决策。
在8月4日清华万人大会上，有些人写条子为难周恩来，要求播放陈伯达和江青7月25日、26日在北大的讲话录音未果（阎淮《进出中组部──一个红二代理想主义者的另类人生》）。周恩来会后告诉贺鹏飞，“今后由中南局书记、中央文革副组长王任重指导清华的运动”；王任重告诉清华红卫兵“临筹”（按：“清华大学文化革命领导小组临时筹备委员会”简称），“叶林的检查稿是总理秘书和叶林共同起草、总理过目的。”（阎淮《一个老红卫兵的回忆与反思》）
8月5日，毛泽东在中共八届十一中全会期间，亲笔写了轰动全国、颠覆历史的《炮打司令部──我的一张大字报》，由机要秘书徐业夫誊清，张贴在中南海大灶食堂外。
同日，中共中央发文，撤销刘少奇签发的关于北京大学制止“乱斗”的文件，只有一句话：“中央一九六六年六月二十日批发北京大学文化革命简报（第九号）是错误的，现在中央决定撤销这个文件。”实质表明毛泽东支持“乱斗”的立场，对校园暴力的限制被撤销。
8月7日，王任重指示清华“临筹”根据周恩来4日讲话精神，提出《八七建议》：“根据多数人意见，不再辩论工作组问题，尽快批判校领导。”同日，“临筹”提出结束批判工作组，转而批判“黑帮”（即蒋南翔等前校领导）、批蒋南翔的教育黑线，而被工作组迫害过的同学和部分教师则要求批工作组的错误路线。
8月8日，中共八届十一中全会通过《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（即《十六条》），明确“在当前，我们的目的是斗垮走资本主义道路的当权派，批判资产阶级的反动学术‘权威’，批判资产阶级和一切剥削阶级的意识形态，改革教育，改革文艺，改革一切不适应社会主义经济基础的上层建筑”。全会对中央领导层进行重大调整，政治局常委由7人增至11人，刘少奇排名由第二降至第七。同日，清华反对工作组的学生成立“八八串联会”，否定“临筹”的“八七建议”，要彻底批判工作组的“资产阶级反动路线”。
8月9日，经王光美提醒和鼓励，支持“临筹”、保工作组的刘菊芬等同学针锋相对成立“八九串联会”，赞同《八七建议》，不再批工作组，尽快批“黑帮”。清华因此分为两个派系：先批工作组、再批蒋南翔及“黑帮”的“八八派”；立即批蒋南翔及“黑帮”、放过工作组的“八九派”。王光美支持“八九派”。（杨继绳《从清华大学看文革──读孙怒涛回忆录《良知的拷问》）
8月10日晚，毛泽东来到中央群众上访接待站，向前来上访的群众挥手致意，说：“你们要关心国家大事，要把无产阶级文化大革命进行到底！”